主要区别有如下几点：
1，变频器只是在启动的时候来改变频率，在启动后就无法改变频率，也就是当光照发生变化的时候，他是没办法让整个系统稳定运行的。光伏专用水泵逆变器，是根据光伏板的工作特性和水泵特性来专门做的一套控制程序，他可以根据光照的大小来变换输出电压和频率保证在水泵出水的情况下稳定工作。也就是厂家经常说的MPPT最大功率跟踪。
2，变频器是一个通用产品，在专门光伏抽水上面如果要达到专业光伏水磅逆变器的一些功能设置起来非常麻烦，不是一般的操作员能够设置好的。比如水泵干烧，堵转，水位开关的控制，水泵逆变器可以很简单的设置完成。变频器却不行，
3，变频器的通常体积小，这样就决定了他的储能电容，滤波电抗器很小，甚至一些劣质产品去掉了电抗器，这样就会造成水泵运行不稳定，线圈温升高，水泵寿命缩短。这在一些工程中已经慢慢体现出来。专用的水泵逆变器考虑这些问题，大功率的体积一般都要比变频器大上5-6倍，重量重上6-7倍，这就是为什么专用的贵的原因。成本高啊！
4，从整个系统上看变频器的系统不一定造价比专业水泵逆变器的高，原因是变频器没有MPPT功能，即使一些厂家声称有MPPT控制器，那些都是骗人的玩意。这样他们如果要到达专业水泵逆变器的抽水效果，比如阴天抽水，他们往往要把太阳能电池板配的比专用的多2-3倍。这是什么一个概念我们想想一个11KW的系统，变频器的要配22-30KW的光伏板，而专业水泵逆变器的只需要13.2-14KW就可以了。